El tamaño, espaciado y escalonado de los botones del prototipo de la fase 2 se modificaron para maximizar la comodidad y facilitar la técnica, sobre todo el uso del pulgar en la primera y segunda hilera. En aspecto, la nueva botonera escalonada de botones algo más grandes que los tradicionales dista de manera radical tanto de bandoneón tradicional como de los bandoneones sistema "C" o"B".
El espaciado - se añadieron 2mm a la distancia entre hileras proporcionando 17mm de centro a centro de los botones en los primeros diagonales y 16mm en los segundos diagonales Se le añadió 1mm al espacio entre botones de cada misma hilera quedando en 15,5mm en la primera hilera, la más cercana a la empuñadura, 16,5mm en la segunda y 17,5mm en la tercera.
Tamaño - el nuevo espaciado permite utilizar botones algo más grandes. Botones de más diámetro y de superficie más redondeado, como los que se encuentran en los bajos de algunos acordeones diatónicos, son más cómodos, sobre todo para el pulgar y permiten, hasta cierto punto, ejecutar glissandos. Mientras los botones de un bandoneón tradicional tienen un diámetro de 10,5mm, el diámetro propuesto para el bandoneón Atzarin es de 11,8mm.
Escalonado - en el prototipo de la fase 2, al igual que en un bandoneón tradicional, los botones se elevaban 1mm más en cada hilera según se alejaran de la empuñadura. A pesar del "ángulo de ataque" de los dedos, esta inclinación mínima no era suficiente para una técnia del pulgar precisa en la segunda hilera.
Incluso utilizar el dedo corazón para pulsar un botón de la primera hilera mientras se pulsaban botones de la tercera con los dedos índice y anular, como para tocar una triada menor, no era completamente satisfactorio puesto que el dedo corazón se encogía demasiado pasando a tocar el botón con la uña con el consiguiente riesgo de resbalar. Una botonera escalonada reduce el encogimiento excesivo de los dedos en esta situación y permite la plena utilización del pulgar en todas las hileras.
La altura de escalón de una hilera a otra propuesta para el bandoneón Atzarin es de 4mm.